，努尔哈赤迅速转战，率后金部队又接连攻克河东三河堡等五十多寨，及古城、新甸、宽甸、永甸、长甸、海州、金州、复州、盖州等七十余城。

辽阳和沈阳的陷落让明王朝的统治阶层大为震撼，无奈之下他们又想起了熊廷弼的种种好处，于是又命其再任辽东经略，同时任命王化贞为辽东巡抚，以期扭转战局。然而这次任命从表面上看虽然依旧是以熊廷弼为战略主官，但事实上大权却基本掌握在拥有阉党背景的王化贞手中。

对于辽东防线的军事布局，熊廷弼力主集中步兵扼守广宁（辽宁北镇），从正面牵制后金主力部队的行动；其次以天津为军事基地，集中水师主力，随时准备由水路进击辽阳附近的地区；最后在山东登州（今蓬莱）建立战舰基地，集中其余部队，适时袭扰后金的腹地。

对于熊廷弼的建议，辽东巡抚王化贞完全不予考虑，反而将主力部队依次排开，分兵扼守辽河沿岸。这种布置毫无军事常识可言，极大地分散了守军的有生力量。